ImageJ - wszechstronny program do przetwarzania i analizy obrazów. Na wszystkie systemy z Javą (do Windows najlepiej ściągnąć wersję z „wbudowaną” Javą). W pełni programowalny, można nagrywać makra. Open source.
HandBrake - do przekodowywania filmów, open source.
Imaris Viewer - czyta (zawiera konwerter) większość formatów mikroskopowych, dobry rendering 3D (niestety bez możliwości zapisu animacji), Windows i Mac.
Zeiss ZEN lite, nowszy program do mikroskopów konfokalnych i fluorescencyjnych Zeissa, też na Windows i też proszą o podanie informacji o sobie)
Zeiss LSM Image Browser - stary program do przeglądania obrazków z mikroskopu konfokalnych Zeiss LSM510, do ściągnięcia tylko w sieci lokalnej (był kiedyś na stronie Zeissa).
DokuWiki - łatwa w użyciu Wiki, nie wymaga bazy danych na serwerze HTTP, potrzebuje tylko PHP. Dobra do samodzielnego prowadzenia niezbyt wyszukanej witryny internetowej, takiej jak ta. Open source.
Filezilla - klient FTP, niektóre wydawnictwa prosiły o przesyłanie w ten sposób publikacji. Windows, Mac i Linux, open source.
Sumatra PDF - dobra minimalistyczna przeglądarka PDF, Windows, open source.